La provincia recibe su nombre en honor al padre fundador del país, Juan Pablo Duarte. En el siglo XVIII se fundó una ermita de la Dama de Santa Ana, construida en lo que hoy es el Rincón San Francisco de Macorís. Para el siglo XIX, fue admitido en la categoría de Parroquia para luego convertirse en el Distrito de La Vega. Cuando se proclamó la independencia de República Dominicana, Duarte fue el primer pueblo del Cibao en levantarse a favor de la Puerta del Conde. Una vez establecida la república, Duarte pasó a formar parte de La Vega.

En 1896 San Francisco se convirtió en la cabeza del Distrito de Mantenimiento de la Paz, nombre que se le dio en honor al presidente Ulises Heureaux, a quien se le otorgó el título de Pacificador de la Patria. En 1907 se convirtió en provincia con lo mismo que Pacificador. En 1925 se cambia el nombre de la Provincia Pacificadora a Provincia Duarte, en honor al Padre de la Nación.

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